2025 κινητικές διαταραχές Κριτική άρθρου της χρονιάς
Διερεύνηση νευροεκφυλιστικών ασθενειών χρησιμοποιώντας τεχνολογίες αλληλούχισης μακράς ανάγνωσης και οπτικής χαρτογράφησης γονιδιώματος 

---

Twitter

Είμαστε στην ευχάριστη θέση να μας απονεμηθεί ο τίτλος «Άρθρο Κριτικής της Χρονιάς 2025» από το κινητικές διαταραχές περιοδικό. Μετά την υποβολή στο κινητικές διαταραχές Ένα άρθρο που περιέγραφε δύο αδέλφια με φαινότυπο συμβατό με τη νόσο Πάρκινσον (PD) που σχετίζεται με την PRKN και επιλύθηκε με αλληλούχιση μακράς ανάγνωσης (LRS), ο Αρχισυντάκτης μας προσκάλεσε ευγενικά να γράψουμε μια ανασκόπηση που επικεντρώνεται σε αναδυόμενες τεχνολογίες για ένα μη γενετιστικό κοινό.

Πιστεύαμε ότι αυτή η ανασκόπηση ήρθε την κατάλληλη στιγμή για δύο λόγους. Πρώτον, όλο και περισσότεροι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν την LRS στο πλαίσιο νευροεκφυλιστικών ασθενειών και ένας αυξανόμενος αριθμός στοιχείων από τη βιβλιογραφία απέδειξε την ικανότητά της να επιλύει περιπτώσεις που δεν εξηγούνται με αλληλούχιση σύντομης ανάγνωσης ολόκληρου του εξονίου ή ολόκληρου του γονιδιώματος. Δεύτερον, η πιο πρόσφατη ανασκόπηση είχε δημοσιευτεί το 2021 από τους Su et al. στο Neurology, επομένως μια ενημέρωση φαινόταν απαραίτητη. Δεχτήκαμε με χαρά το κείμενο και στοχεύσαμε να προσφέρουμε μια ευρεία προοπτική των πρόσφατων επιτευγμάτων τόσο της LRS όσο και της οπτικής χαρτογράφησης γονιδιώματος (OGM), καθώς και των περιορισμών, των προκλήσεων και των ευκαιριών τους για το μέλλον. 

Υπάρχουν τρεις κύριοι τύποι γενετικών παραλλαγών που επηρεάζουν τα ανθρώπινα χαρακτηριστικά: μικρές παραλλαγές (παραλλαγές που περιλαμβάνουν λιγότερα από 50 ζεύγη βάσεων, που ονομάζονται επίσης παραλλαγές ενός νουκλεοτιδίου και παρεμβολές/διαγραφές), σύντομες διαδοχικές επαναλήψεις (επίσης γνωστές ως RE επεκτάσεις επαναλήψεων) και δομικές παραλλαγές (SVs, διαγραφές, παρεμβολές, διπλασιασμοί, αναστροφές, μετατοπίσεις). Πολλές πιθανές μονογονιδιακές διαταραχές εξακολουθούν να μην έχουν ακριβή μοριακή διάγνωση, κυρίως επειδή οι συμβατικές μέθοδοι αλληλούχισης δεν είναι αποτελεσματικές στην ανίχνευση SVs και REs, οι οποίες και οι δύο είναι αιτιώδεις σε πολλές νευρογενετικές ασθένειες. Επομένως, αρκετές πρωτοβουλίες στοχεύουν στη χρήση LRS ή/και OGM για την αποκρυπτογράφηση των γενετικών βάσεων των νευροεκφυλιστικών ασθενειών. Παρείχαμε αρκετά ολοκληρωμένα παραδείγματα στην ανασκόπηση για να προσφέρουμε στον αναγνώστη μια κατανόηση των επιτευγμάτων των LRS και OGM. Συζητάμε πώς η LRS μας επέτρεψε να αποκαλύψουμε παραλλαγές που δεν ονομάζονται με αλληλούχιση βραχείας ανάγνωσης σε γνωστές νευροεκφυλιστικές ασθένειες (π.χ. PRKN, SPG4) και να ανακαλύψουμε νέα αιτιολογικά γονίδια (π.χ. νευρωνική ενδοπυρηνική νόσος εγκλεισμού και επέκταση NOTCH2NLC 5'UTR, σπινοπαρεγκεφαλιδική αταξία τύπου 4 και ZFHX3). Επίσης, παρουσιάζουμε την ικανότητα της LRS να χαρακτηρίζει το μέγεθος και το μοτίβο των επαναλήψεων, οι οποίες επηρεάζουν την ηλικία έναρξης, τη διείσδυση, την κληρονομικότητα και τους κλινικούς φαινοτύπους (CANVAS και RFC1, FXTAS και FMR1, SCA27B και FGF14). Περιγράφουμε επίσης τη δυνατότητα σταδιακής κωδικοποίησης παραλλαγών χρησιμοποιώντας LRS και τη διάκριση παραλλαγών σε γονίδια από εκείνες στο ψευδογονίδιό τους (GBA1, SORD2), καθώς και τη δυνατότητα αναγνώρισης νέων μεταγραφών. Τονίζουμε επίσης τα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματα της οπτικής χαρτογράφησης γονιδιώματος στην αναγνώριση SV και RE. Αν και αυτές οι τεχνολογίες χρησιμοποιούνται κυρίως σε ερευνητικό περιβάλλον προς το παρόν, αναμένουμε ευρύτερη εφαρμογή σε κλινικά εργαστήρια στο μέλλον. Ελπίζουμε ότι αυτή η ανασκόπηση θα είναι χρήσιμη για τους επαγγελματίες στην κατανόηση της χρησιμότητας και των περιορισμών τους και στη συνετή χρήση τους, είτε στο πλαίσιο της διάγνωσης είτε της έρευνας!  

Διαβάστε το άρθρο

Ακούστε μια συνέντευξη σε podcast σχετικά με αυτό το άρθρο:

  Ακου τώρα

 

Twitter